Dall'edizione 2008 (la terza in ordine di tempo), la rendicontazione entro un anno dal ricevimento delle somme del 5 per mille è obbligatoria per legge per tutti gli enti iscritti agli elenchi. Ogni ministero interessato ha fornito indicazioni specifiche agli iscritti alle liste, anche tenendo conto delle specificità delle attività finanziate.
Il Ministero del Lavoro ha realizzato - come sottolineato di recente dal quotidiano economico "Il Sole 24 ore" -  un importante supporto agli enti, proponendo uno schema di rendicontazione e le linee guida per la sua compilazione.
In merito ai costi sostenibili, il Ministero, tramite la direzione generale per il Terzo Settore, ha riconosciuto di recente che le spese ammissibili che possono essere portate in rendiconto sono quelle sostenute dalla data di pubblicazione dell'elenco che riporta le somme ripartite accanto a ciascun destinatario.
Questa precisazione consente alle organizzazioni - anche quelle di non grandi dimensioni - di evitare il rischio di non riuscire a spendere l'intera somma entro l'anno prescritto dalla legge, rischio particolarmente oneroso per gli enti in quanto, tra le ragioni per le quali lo Stato può chiedere indietro le somme, rivalutate agli indici Istat e maggiorate degli interessi legali, vi è proprio la mancata rendicontazione.
Oltre all'obbligo di rendicontazione, sussiste anche l'obbligo di invio dei rendiconti ai ministeri competenti, limitatarnente agli enti che abbiano ricevuto più di €15.000, limite portato a € 20.000 dall'annualità 2009.

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